首先，病毒感染和细菌感染在发病率上就会出现一些不同的区别，比方说能够引起上呼吸道感染的疾病基本上90%的都是因为病毒感染引起，而只有10%的上呼吸道感染是因为细菌感染引起的。病毒感染和细菌感染在症状上也会出现不一样，细菌感染一般会使患者的体温忽上忽下，而病毒感染往往会使体温在开始的时候并不算很高，直到2到3天以后逐渐的加重，并且体温会居高不下。

另外，细菌感染的宝宝如果流鼻涕一般都是一些脓性的分泌物，并且咳嗽起来痰比较多，而病毒感染的宝宝，则有可能是流一些清色的鼻涕，并且咳嗽起来痰比较少。观察宝宝的扁桃体会发现，细菌感染的宝宝有充血，并且表面不平，颜色也发暗。而病毒感染的宝宝扁桃体上会有一些疱疹，表面比较的光滑，颜色也比较鲜艳。